残高証明書は、証明日を基準に起算日ベースで残高を作成しています。
一方、Web21等のインターネットバンキングの残高照会では、指定日付で口座に処理・反映されている残高を表示しています。
そのため、証明日をまたいで起算日と取引日が異なるお取引がある場合（※）、残高が異なります。
※休日をはさむ場合や為替手数料の引落等、お取引内容によっては、起算日（利息計算等の基準となる日付）と取引日（銀行が取引を行う日）が異なる場合があります。
たとえば、証明日が3月31日だとします。
| 項目 | 日付 | 意味 |
| 証明日 | 3月31日 | 残高証明書を作成する基準日 |
| 起算日 | 3月31日 | 3月31日を取引として扱う日 |
| 実際の取引日・処理日 | 4月1日 | 実際に口座へ処理・反映された日 |
この場合、
| 残高証明書 | 起算日が3月31日のため、3月31日時点の残高が反映されます。 |
| Web21の残高照会 | 実際の処理・反映が4月1日であれば、3月31日時点の画面残高には反映されません。 |
そのため、同じ3月31日を見ていても、残高証明書とWeb21の残高が異なることがあります。